一、外形特征不同
1、爱斯基摩犬：祖先是德国的狐狸犬，从脸部、毛色和蓬松的尾巴可以认出是狐狸犬的一种。尖尖的嘴部和竖立的耳朵很像狐狸，毛长而厚，具有被水弄湿后快干的特征，尾巴梳理成羽毛状，但身体健壮，肌肉发达，背部宽阔，耳朵竖立，尾巴卷曲。
2、萨摩耶：直立的耳朵很厚，呈三角形，尖端略圆。两耳分的较开。眼睛颜色深为佳，两眼凹陷，间距大，杏仁形，下眼睑向耳基部倾斜。鼻子颜色有黑色、棕色、肝褐色，鼻的颜色有时随年龄和气候改变。嘴唇多数是黑色，嘴角上翘。牙齿强壮，剪状咬合。
二、性格特征不同
1、爱斯基摩犬：爱斯基摩犬非常友好，属于“朋友狗”，而不是“孤僻狗”。它是忠诚、深情的伙伴，但一般给人的印象是高贵、成熟。
2、萨摩耶：萨摩耶犬很聪明，学习东西很快，但程度也有很大差异，要注意不同情况区别对待。它的性情温和，对主人忠诚，适应性强。警惕，充满活力，待人友善，不保守，不胆怯，不多疑，只是进攻性不强 。
三、分布不同
1、爱斯基摩犬：发源于北极陆地，现多分布于美国。
2、萨摩耶：分布于西伯利亚。
参考资料来源：
百度百科-爱斯基摩犬
百度百科-萨摩耶
美国爱斯基摩和萨摩耶的区别有很多。不懂的人看不出来。
外貌上：
美国爱斯基摩的个头小很多。普遍的Miniture和Toy Size的狗和西施和小狼狗差不多大。而萨摩耶，在中国很多，要比美国爱斯基摩大许多。
美国爱斯基摩最大的，也没有萨摩耶最小的大。他们在城市里面更加好样。
美国爱斯基摩的耳朵是直立的三角形，萨摩耶的耳朵相比起来没有美国爱斯基摩的直。
美国爱斯基摩的眼睛要比萨摩耶的圆，显得更加的有神。
美国爱斯基摩的最比萨摩耶的短一些。
美国爱斯基摩的毛没有萨摩耶的毛厚。但是很密。尤其是腿上。萨摩耶会有一个很毛很多的腿，而美国爱斯基摩的腿上的毛就没那么多。个人感觉更灵敏一些。
性格上：美国爱斯基摩是一种很灵敏的狗狗。他非常聪明，非常敏捷，非常有活力，也非常的警觉。是一跳看家的好狗。他很喜欢天天在你的身边粘着，永远都不够。他的祖先是美国顶级的杂技表演狗狗，所以他学习不同动作的速度也是非常的快！相当的快！特别特别的好训练！
萨摩耶也是一种很聪明的狗狗，可是他的思维方式一般人摸不透。萨摩耶的大脑是我们需要花时间琢磨的，不过一旦掌握了他的性格和发现了训练他的特殊方法，他也会像美国爱斯基摩一样成为一个非常好训练的狗。相比，萨摩耶更闷一些，没有美国爱斯基摩那么活泼，他与美国爱斯基摩相比更自我化。因为他的祖先是雪橇犬他的没有美国爱斯基摩那么看家。更像是，在家里的傻老大，很可爱。不过萨摩耶也非常爱跑。萨摩耶比美国爱斯基摩的力量要大很多。也很有个性！
个人偏见：
我人文在城市里，养一条美国爱斯基摩要比萨摩耶好许多
首先个头小好携带
更容易训练（我们都不是专业训练师）
梳毛基本上不用管腿，弄背和尾巴就可以了
看家，他的警觉会保护你一辈子
更亲人，真的会一只在你身边，曾来蹭去。
看上去也更精神。
好像中国市场上没有还是很少有纯种的美国爱斯基摩犬。要是找到了千万不要错过了！
萨摩耶
身高：成年公犬53－60厘米；成年母犬48－53厘米
被毛：下层被毛短而柔软似羊毛，上层毛较粗、较长。垂直于身体生长，但不卷曲。
吻部：有一定的厚度，长度和宽度中等，嘴角上扬，像在微笑。
爱斯基摩犬
身高：分别三种，小型23－31厘米、中型31－38厘米、大型38－48厘米
被毛：内层被毛短而致密。外层被毛直而不倦，颈部长毛形成明显的环状围脖，尾部毛长而蓬松。
吻部：宽平，长度不超过头骨的长度，稍短。
爱斯基摩的毛量比萨摩的多,骨架比萨摩宽,成年的爱斯基摩比萨摩要小